Omicron : un cadeau venu du ciel ?

Questions et réflexions sur les données brutes autour d’Omicron dans le monde.

Pour justifier la prolongation de l’urgence sanitaire, tous les moyens sont bons: on a déjà vu l’influence des modèles prévisionnistes qui ont toujours annoncé de futures vagues plus dévastatrices les unes que les autres, mais elles n’ont jamais répondu totalement aux attentes. 

On nous l’avait promis, cette vague forcément plus méchante, qui hélas tardait à se manifester, et alors… Omicron est arrivé, sans se presser, à l’approche de la saison hivernale, favorable comme on l’a vu l’an dernier.

Alors qu’en est-il au juste ? Petit tour du monde en compagnie d’Omicron.

On a choisi des pays d’étude présentant des profils similaires à fort taux selon les paramètres suivants:

  • part d’omicron dans les souches virales;
  • taux de vaccination, notamment pour les doses de rappel effectuées;
  • nombre de « cas » détectés (avec toute la prudence sur le peu de fiabilité que ce chiffre recouvre);
  • nombre de décès, a priori le paramètre le plus pertinent.

Il faudrait ajouter l’évolution des hospitalisations et du nombre de patients en Soins Critiques, mais on n’alourdira pas ici l’inventaire, pensant que notre étude met suffisamment en relief des tendances assez solides, transposables à bon nombre d’autres pays par ailleurs.

Ces pays sont : l’Afrique du Sud, l’Autriche, la Belgique, le Chili, le Danemark, la Grèce, Israël, l’Italie, le Portugal, la France. Le Japon, l’Inde, Madagascar, le Sénégal et le Nigeria ont été introduits pour mettre en évidence des oppositions notables avec le groupe d’étude principal. Certes, certains objecteront que les pays d’Afrique, excepté l’Afrique du Sud, enregistrent mal les cas et les décès toutes causes, mais ces pays permettent tout de même de trouver un point de comparaison entre pays largement vaccinés et pays peu vaccinés.

On verra aussi en quoi la France présente une anomalie sensible au regard de ces paramètres. Des graphiques sont produits pour faciliter la comparaison entre les pays dispensant d’encombrer le texte de trop de données chiffrées, directement lisibles sur les courbes.

Observation sur la part d’Omicron

Share of SARS CoV 2 sequences that are the omicron variant
Données sources

Officiellement apparu en premier en Afrique du Sud, les déclarations alarmistes ont fusé sans attendre et sans diffuser les déclarations rassurantes des épidémiologistes sud-africains.

Il s’avère qu’il avait été identifié auparavant en Irlande et aux Pays-bas.

A part la Grèce qui ne diffuse plus de chiffres depuis le 27/12, bloqué à 73,5% d’Omicron, mais probablement aujourd’hui au même niveau que les autres, et à part Madagascar et le Sénégal qui n’affichent rien (pas de trace ou pas de données ?) le restant est entre 98 et 100%.

Observation sur le taux de vaccination

  • Le Portugal est l’un des plus vaccinés au monde, déjà 87% en octobre, bien avant le début du rappel, lequel a débuté plus tardivement de ce fait, mais désormais dans le peloton de tête.
  • Le Chili semble être premier de la classe pour la croissance du rappel en la période actuelle.
  • Le Japon énormément vacciné (sans contrainte) au moment des JO par crainte de contamination étrangère, mais n’avait quasiment pas pratiqué de rappel avant fin janvier, annonçant publiquement qu’ils abandonnaient une campagne de masse, pour privilégier un traitement à l’ivermectine, recommandé par leur Nobel de médecine, le professeur Omura. Cependant,on passe de 3% à 15% de rappels entre le 30 janvier et le 21 février.
  • Les trois pays africains en dehors de l’Afrique du Sud, assez peu vaccinée, ne le sont quasiment pas, et la dose de rappel insignifiante pour tous les quatre.
  • Madagascar, le Sénégal et le Nigeria n’apparaissent pas car la vaccination y est très faible. On voit tout de même apparaître l’Afrique du Sud, avec un taux assez faible.
  • L’Inde, moyennement vaccinée, mais de grosses différences d’un état à l’autre, de part le choix de certains privilégiant le traitement par l’ivermectine; le rappel y est insignifiant uniformément. 

Observation sur le nombre de cas

  • Une flambée de cas dans les pays fortement vaccinés:une corrélation troublante qui pose question.
  • Record absolu, dépassant celui de la période sans vaccination dans des proportions vertigineuses au Chili et Portugal (x5), Grèce et Israël (x9/10), le Danemark (x15), sans oublier la France (x10).
  • On se doit de signaler, bien que ne figurant pas l’étude le cas du Cambodge et de la Malaisie, très vaccinés avec une intense campagne de rappel, et qui connaissent le même scenario.
  • Augmentation plus réduite pour l’Inde, moyennement vaccinée, avec fortes disparités selon les états.
  • Vague puissante mais rapide en Afrique du Sud, pic atteint en 4 semaines et descente aussi rapide.

Un surnombre de tests causé par l’engrenage des « cas contact » a gonflé les chiffres dans les pays européens dans de fortes proportions.

Le cas du Japon est spectaculaire: nombre multiplié par 160 entre le 4 janvier et le 8 février, et un taux de reproduction de 4,5 le 6 janvier. Mais à relativiser par rapport à la population, comme le montrent les graphiques. Les vagues sont puissantes, attestant de la contagiosité, mais plus rapides.

Observation sur le nombre de morts

  • Une létalité largement inférieure aux pics précédents, delta compris qui était déjà atténuée par rapport aux « vagues » précédentes, mais une reprise sensible malgré tout dans les pays très vaccinés au rappel  -mention spéciale pour la Grèce et Israël qui dépassent leurs pics d’avant vaccination, et le Danemark qui s’en rapproche. Le Portugal voit une reprise continue début janvier, ainsi que le Chili plus récemment mais qui est en train d’atteindre un nouveau pic, hors première vague 2020.
  • Afrique du Sud: Veran a avancé que l’absence de hausse importante des décès au début d’omicron s’explique par « la jeunesse de la population, peu vaccinée et déjà dévastée par les vagues précédentes ». Justement, « peu vacciné » étonne, de la bouche de celui qui n’a de cesse de lier cela à l’aggravation de l’épidémie. Quant à l’argument final, il est assez peu crédible au regard des courbes présentées ici.
  • Pour ce qui est des développement récents, il se produit un phénomène assez inhabituel qui intrigue, qu’on pourrait appeler celui des « décès tardifs » survenant 5 semaines après le pic des « cas » dans une croissance qui se maintient. Entre des hypothèses sur des restes de delta s’éternisant, ou une remontée tardives des hôpitaux, ou autres, seul un recul permettrait d’y voir plus clair.
  • Le Nigeria est d’un intérêt particulier:faible mortalité, faible vaccination, mais traitement intensif à l’ivermectine historiquement utilisée pour traiter la maladie de la « cécité des rivières » et repositionnée pour traiter contre le Covid.
  • L’Inde, met en relief les contrastes entre ceux qui ont choisi la vaccination comme mode de solution, et ceux ayant choisi le traitement notamment par l’ivermectine (Uttar Pradesh vs Kerala) cruellement en faveur de ces derniers.
  • Le Japon: explosion avec décalage de 15 jours par rapport au nombre de cas, dans le même rapport spectaculaire, de 1 mort à 214 du 10 janvier au 21 février, un record absolu sur toute la durée épidémique.,. mais également à relativiser par rapport à la population.
  • Madagascar, et Sénégal: faible mortalité, avec l’éternel argument de la jeunesse de la population, le peu d’enregistrement des cas et des décès, mais de noter quand même que les traitements ont été privilégiés, HCQ au Sénégal, Artémisia à Madagascar.

Anomalie française ?

  • Nombre de « cas », record mondial presque atteint, jusqu’à 565 000 le 24 janvier, couplé à un taux de positivité hallucinant qui a dépassé 45% dans certains départements, sans cohérence avec les décès enregistrés « covid ». Omicron serait vraiment très bénin, à moins que l’abus de tests soit manifeste ?  Les deux, probablement.
  • Proportion de vaccinés/non vaccinés en SC (soins critiques) contraire aux rapports internationaux; de quoi avoir des doutes. Un chiffre de 90% de non vaccinés en SC a été constamment cité en haut lieu, soit 3600 au moment du pic omicron (90% des 4000 de l’effectif total en SC). Avant la vaccination on avait atteint les 6000 malades en SC, donc 10% de la population, non vaccinée, occupait 600 lits. Cette année, ces 10% de la population non vaccinée en France occuperait 3600 lits et cela avec un virus jugé de 3 à 5 fois moins sévère: il va falloir qu’on m’explique ! (Pour ces chiffres relatifs au SC voir sur geodes) Malgré la période hivernale propice aux pathologies respiratoires le nombre de SC en dessous de 3600, ainsi que les décès, moins de 2000 sur la première semaine de février, ne plaident pas pour une justification des mesures sanitaires validées par le Conseil Constitutionnel, qui prétendait faire confiance aux « scientifiques ».
  • Taux de transmission: faible par rapport à l’explosion de cas; 1,5 au plus haut fin décembre; au dessous de 1 fin janvier et carrément à 0,65 actuellement; plus que jamais de quoi relativiser la pertinence de cet indice, que je mettais déjà en cause dans mon article sur les indices.
  • Une anomalie sans précédent de discordance entre les taux d’incidence observés par le Réseau Sentinelles (101 début février) et encore supérieur à 2000 selon Santé Publique France (plus de 5000 dans certains départements fin janvier) à cette date.

Essai de synthèse : impact d’Omicron dans l’épidémie

Notre travail est forcément imparfait et tente de dégager des tendances communes entre pays parfois éloignés. Il est rendu compliqué par une évolution parfois rapide de la situation dans un pays.

Il faut l’apprécier comme étant une photographie prise sur une période donnée, qui donc ne permet pas des conclusions définitives.

  • Se pose l’efficacité des vaccins, voire leur responsabilité dans l’aggravation de l’épidémie: « tous vaccinés, tous protégés », alors que les chiffres sur les cas sont accablants.
  • L’exemple du Portugal interpelle spécialement car paraissant s’être quasiment libéré de l’épidémie début décembre; on aurait pu croire au succès du vaccin vu le fort taux enregistré dès l’été. L’arrivée d’omicron, contagieux semble avoir occasionné l’accélération de la campagne de rappel en janvier, avec quel résultat !
  • D’ailleurs la mortalité covid à l’échelon mondial a doublé en 2021 malgré la vaccination de 58% des terriens:
    • 1,834 M pour 2020;
    • 3,619 M pour 2021 avec vaccin, source 2.
  • Nouvelle utilisation, non justifiée, de prévisions apocalyptiques pour faire peur et justifier le passe vaccinal en France: coïncidence troublante entre la date du pic de positifs et les débats à l’assemblée.
  • Incohérences entre la flambée de l’épidémie et les taux de reproduction assez faibles, à part le Japon.
  • Omicron, un vaccin naturel ? Il est clairement plus contagieux, courbes en cloche plus fortes, mais plus courtes; le nombre total ne sera donc pas forcément plus important en fin de compte. Il est moins létal, de 3 à 5 fois moins, avec variations suivant les pays qui traitent, notamment par l’ivermectine, mais le Japon pose un problème particulier du fait du record de morts en la période présente.
  • Il est difficile de ne pas signaler la corrélation avec l’accélération brutale récente de l’administration du rappel. Cette observation est également valable pour le Chili, et à un degré moindre mais semblant débuter en Malaisie et au Cambodge. Il faudrait attendre quelques semaines pour en tirer une conclusion plus solide.

La suite ?

  • Deltacron, ba2 sous-variant? Il semble qu’on n’en parle plus.
  • Le delta a-t-il encore une capacité de nuisance importante? Les morts recensés viennent-ils principalement de là ?
  • Quid des maladies saisonnières qui, comme l’an dernier, auraient disparu, alors que dans l’hémisphère sud une reprise pour l’instant se dessine ?
  • Une nouvelle reprise en France, justifiant de la prolongation de l’urgence jusqu’en juillet ? On peut s’étonner d’une telle date sauf à admettre que les dirigeants ont une telle maîtrise sur la suite des évènements: pousser la dose de rappel comme dans les pays vedettes avec le résultat que l’on sait ? J’arrête là, j’ai fait le serment de ne pas être « complotiste »!

Doit-on s’arrêter de vivre à chaque apparition de nouveau virus, sans même savoir s’il est vraiment dangereux ou hautement mortel?

Les sources de cet article

  1. Chiffres covid sur Google pour voir chaque pays, avec variation régionale pour des pays comme l’Inde.
  2. Ourworldindata
    1. Doses de boosters administrées par pays
    2. Nombre de cas
    3. Nombre de morts
    4. Part d’Omicron
    5. Morts cumulés dans le monde.
  3. Géodes : https://geodes.santepubliquefrance.fr

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